Molecular basis of membrane stability and dynamics

Abstract

Dit proefschrift is onderverdeeld in vier verschillende delen, die overeenkomen met de vier verschillende onderwerpen die ik heb gewerkt . In hoofdstukken 2-4, bestudeerden we het werkingsmechanisme van antimicrobiële peptiden. We concentreerden ons op twee korte peptiden, de cyclische BPC194 en zijn lineaire analoge BPC193. Hoewel beide bezitten dezelfde aminozuursequentie, maar het cyclische peptide kan microbiële cellen te doden. Met behulp van een combinatie van fluorescentie-gebaseerde technieken met moleculaire dynamica simulaties, kwamen we erachter dat het cyclisch peptide plooien in de juiste conformatie op membraanbindende, inserts diep, vormt poriën en fuseren de membranen . In hoofdstuk 5, wij ontwerpen en gesynthetiseerd een DNA - peptide hybride te moduleren de oligomerisatie van een membraan kanaal met behulp van complementaire DNA-strengen of een G-quadruplex motief. In beide gevallen heeft de daaruit zender heeft voorkeur voor een specifieke oligomere toestand van een vaste grootte . In hoofdstuk 6 hebben we de effecten van koolhydraten op het membraan organisatie. We combineerden fluorescentie microscopie met moleculaire dynamische simulaties en ontdekte dat alleen de niet-reducerende koolhydraten, sucrose en trehalose, hebben een effect op de lipid raft organisatie. Die twee disachariden worden meestal gesynthetiseerd door verschillende organismen, om te overleven in extreme uitdroging omstandigheden. In hoofdstuk 7 bestudeerden we de lokalisatie, oligomerisatie en dynamiek van verschillende plasmamembraan aminozuur transporters van S. cerevisiae. De verdeling van deze eiwitten in het membraan niet homogeen. We kwamen erachter dat de reden dat de extreem trage verspreiding die we gemeten voor die eiwitten samen met hun lage bedragen zou kunnen zijn