In vitro-Charakterisierung regulatorischer und sensorischer RNAs in Prokaryoten

Abstract

Im Rahmen dieser Arbeit wurden eine cis-kodierte und eine trans-kodierte Antisense-RNA aus Bacillus subtilis sowie eine RNA-Thermometerstruktur aus Salmonella enterica in vitro strukturell und funktionell charakterisiert. In vitro-Analysen zur inhibitorischen Wirkung der cis-kodierten Antisense-RNA RNAIII haben gezeigt, dass die Ausbildung einer vollständigen Duplex mit ihrer Target-RNA (RNAII) nicht erforderlich ist. Ein Bindungsintermediat, das lediglich die simultane Beteiligung der Stem-Loops L3 und L4 von RNAIII erfordert, reicht als inhibitorischer Komplex für die Regulation der Replikation des Streptokokkenplasmides pIP501 aus. SR1 aus Bacillus subtilis ist eine 205 nt lange trans-kodierte Antisense-RNA, die durch direkte Basenpaarung regulierend auf ihr Target, ahrC-mRNA, einwirken kann. SR1 induziert strukturelle Veränderungen stromabwärts der Ribosomenbindungsstelle von ahrC-mRNA, wodurch die Translationsinitiation von AhrC verhindert wird. Die Translationskontrolle des agsA-Transkriptes in Salmonella enterica erfolgt über eine RNA-Thermometer-Struktur, die keinem der bisher identifizierten RNA-Thermometertypen entspricht